Komatsuzaki Group

教育

小松崎 民樹

李 振風(Chun Biu Li)

寺本 央

学部授業(北海道大学 2008-)

  • 全学教育科目「環境と人間:光・バイオ・分子で拓くナノテクノロジー」
    1分子生物学 :時系列情報から読み解く生体分子機能の複雑さ、小松崎
  • 外国語演習:Introduction to Time Series Analysis with Applications to Real Complex System、李
  • 一般教育演習(フレッシュマンセミナー):解析力学基礎、寺本
  • 基礎化学I(2010) 小松崎、寺本 

大学院授業(北海道大学生命科学院 2008-)

  • 生命分子科学概論、小松崎
  • 分子情報解析学特論、小松崎
  • 北海道大学大学院共通授業科目「生化学特別講義Ⅰ」シリーズ『ナノとマクロを結ぶバイオイメージング解析』、小松崎
  • ナノテクノロジー・ナノサイエンス概論Ⅰ、小松崎、李

学部授業(神戸大学理学部 1999-2007)、小松崎

  • 地球惑星科学概論II
  • 惑星系の起源・進化・多様性
  • 地球と惑星
  • 情報数理
  • 情報数理演習
  • 非線形科学
  • 特別研究

大学院授業(神戸大学大学院理学研究科 1999-2007)、小松崎

  • 生物情報特論
  • 非線形科学特論
  • 創発計算論
  • 特定研究

集中講義・出前講義(大学)

  • 物理学特別講義第三「集中講義(分子データ科学)」(中央大学、八王子市)9月3日(講演日9月3日)(2015)小松崎
  • 第2回少数性生物学トレーニングコース(大阪大学産業科学研究所、茨城市)7月20日-8月2日(講演日7月29日)「1分子時系列データ解析」(2014)小松崎
  • 第1回少数性生物学トレーニングコース(大阪大学産業科学研究所、茨城市)7月28日-8月10日(講演日8月7日)「1分子時系列データ解析」(2013)小松崎
  • 第15回創発システム・シンポジウム 創発夏の学校2009(インテック大山研修センター、富山市)8月8日-10(講演日8月9日)「時系列情報から読み解く数理モデル ー生体分子の階層的な構造揺らぎを例にー」(2009)、小松崎
  • 集中講義:広島大学大学院理学研究科「化学反応における選択性と統計性」(2006)、小松崎
  • 第46回生物物理若手の会 夏の学校予稿(2006) 、小松崎
  • 分子科学研究所 理論研究系 分子基礎理論第四研究部門客員助教授(2005)
  • 講義:広島大学ナノテク・バイオ・IT融合 教育プログラム「化学反応における選択性と統計性―なぜ、如何にして反応は生起するのか?」(2005)、小松崎
  • 集中講義:茨城大学大学院理工学研究科「化学反応における選択性と統計性の起源」(2004)、小松崎
  • 第43回分子科学若手の会夏の学校 講師(2003) 「化学反応のダイナミックスとカオス-「遷移状態」概念再考- 」、小松崎
  • 集中講義:東京大学教養学部・大学院総合文化研究科「化学反応の動力学とカオス:なぜ反応は生起するのか」(2003)、小松崎
  • 集中講義:滋賀大学教育学部(2001) システム情報特論Ⅰ、小松崎

市民講座・出前講義(大学外)

  • 静岡県立大学 大学院生活健康科学研究科 食品栄養科学部月例セミナー 「化学反応や生体高分子の構造変化における状態変化の起源」 (2012.7.10)、小松崎
  • 市民講座:ゲノムひろば in 京都 「タンパク質エネルギー地形を描くための自由度の縮約を考える(星野恭子氏発表)」 (2003)、小松崎
  • 出前講義:神戸市立北条高等学校 「カオス=混沌!?」(2002)、小松崎
  • 市民講座:ゲノムひろば in 京都 「タンパク質の折れたたみの運動を考える(松永康佑氏発表)」 (2002)

各研究機関でのセミナー(小松崎)

  • ETH Zurich(Switzerland), Department of Mechanical and Process Engineering, “Chance and necessity in reactions under thermal fluctuation”, July 14 (2014)小松崎
  • 京都大学発生・細胞生物学・システム生物学コース 第2回セミナー 「Toward deciphering molecular individuality in systems biology」(2013.5)小松崎
  • National Chiao Tung University(Taiwan), Department of Chemistry, “Phase space geometry in chemical reaction dynamics: revisiting the concept of reaction coordinate”, Oct 19 (2012)小松崎
  • Tamiki Komatsuzaki : “Theories Should Meet Experiments: Let the system speak for itself!”, Max Planck Institute in Stuttgart (2012-4-24) (invited)
  • 小松崎民樹 :「非平衡定常ネットワークから再構成する自由エネルギー地形 」 東北大学木下賢吾研究室セミナー(2012年2月24日)
  • Muenster University (Germany), Department of Biology, “Mining the underlying free energy landscapes of biomolecules from single molecule time series”, Sep 16 (2011)、小松崎
  • The University of Maryland(USA), Institute for Physical Science and Technology, “A Construction of an Effective Free Energy Landscape from Single-Molecule Time Series”, June 9 (2011)、小松崎
  • 北海道大学理学院数学専攻 DCSセミナー第11回「 カオスおよび熱揺らぎ存在下における状態変化の「偶然と必然」」(2010.11)小松崎
  • 福井大学医学部医科学特論 学内セミナー「1分子生物学:我々は1分子時系列情報から何が学べるのか」(2009.12)小松崎
  • Max Planck Institute fur Mol. Physiologie”Extracting Multiscape Complex Network of Protein Fluctuation from Single-Molecule Time Series” Sep 8(2009)、小松崎
  • Department of Chemistry, Univ. Zurich”Multiscale Complex Network extracted from Single Molecule Time Series”, Sep 11 (2009)、小松崎
  • Department of Physics seminar, “Chance and Necessity in Changes of States,” ENS de Lyon, Lyon, France, Feb 23 (2009)、小松崎
  • Department of Chemistry, Boston University”Construction of an Effective Free Energy Landscape from Single-Molecule”,June 30(2008)小松崎
  • Lab. of Chem. Phys., NIDDK,NIH”Construction of an Effective Free Energy Landscape from Single-Molecule Time Series”July 2(2008)小松崎
  • 分子研シンポジウム「1分子時系列情報から生体分子機能の複雑さを解読する」June 13-14 (2008)、小松崎
  • 生命科学院研究交流会セミナー 「1分子生物学:時系列情報から読み解く生体分子機能の複雑さ」 May 15 (2008)、小松崎
  • 法双曲的不変多様体と化学反応ダイナミックス」第102回複雑系セミナー(北海道大学)(2007)、小松崎
  • 化学反応における偶然と必然 ―非再交差仮定を満たす遷移状態の厳密解とその存在条件― 、第7回理論化学セミナー(北海道大学)(2007)、小松崎
  • 「1分子時系列情報から解読される生体分子系の動態構造」大阪大学大学院生命機能研究科柳田敏雄研究室(2006)、小松崎
  • Water Field Dynamics in the Vicinity of Proteins, Center for Integrative Multiscale Modeling and Simulation Seminar, California Institute of Technology, Pasadena, California USA (2006)、小松崎
  • Tamiki Komatsuzaki : “Complexity of Dynamics on Rugged Energy Landscapes”, Max Planck Institute in Stuttgart (October 12, 2005)、小松崎
  • 神戸大学発達科学部第128回自然環境論セミナー「化学反応はなぜ生起するのか?:遷移状態概念再考」 (2005)、小松崎
  • 分子科学研究所理論系信定グループセミナー(岡崎)「なぜ、如何にして反応は生起するのか?:化学反応における選択性と統計性 」(2005)、小松崎
  • Center for Integrative Multiscale Modeling and Simulation Seminar, California Institute of Technology, Dynamical Hierarchy of Transitions in Chemical Reactions and Protein Dynamics Pasadena, California USA, July 21, 2005、小松崎
  • 北海道大学数学科複雑系セミナー「高次元相空間における法双曲的不変多様体・安定(不安定)不変多様体が織り成す化学反応ネットワーク描像:蛋白質フォールディングのおける一方向性の力学的原理」(2005)、小松崎
  • 分子科学研究所理論系中村宏樹グループセミナー(岡崎)(2004) Why and How does a Reacting System Climb Through the Saddles? -Geometrical Structure of Phase Space in Chemical Reactions-Reduced Dimensionality of the State Space at Transition Temperature on a Rugged, Multi-Basin Protein Landscape ?、小松崎
  • Alan Turing Institute Meeting, 2004 Manchester UK Why and How does a System Climb over the Saddles on the multidimensional Energy Landscapes?、小松崎
  • A seminar at Department of Chemistry, Univ. of Birmingham, UK (2004) What can a single molecule time series data tell us? -Regularity in structural transitions on multi basin energy landscapes of proteins-、小松崎
  • 京大院情報学研究科数理工学専攻力学系理論分野セミナー(2001) 化学反応の「揺らぐ」世界における力学的決定性─なぜ系は峠(=遷移状態)を越えるのか?─”、小松崎
  • 名大理学部R研セミナー、名古屋(2001) 化学反応の「揺らぐ」世界における力学的決定性”、小松崎
  • 京大人間・環境学研究科 物性論グループ・公開セミナー(2001) 多体化学ダイナミックスの「揺らぐ」世界における力学的決定性”、小松崎

各研究機関でのセミナー(李)

  • Rice University(USA), Department of Chemistry, “Does Dynamic Disorder Exist in the Enzymatic Reactions on the Single Molecule Level?”, Mar. 21 (2013)李
  • Radboud University Nijmegen(the Netherlands), Institute for Molecules and Materials “Data-driven Modeling of Single Molecule Kinetics from Dwell-time Time Series”, April 25 (2012), 李
  • University of Muenster(Germany), Institute of Biochemistry “Dynamic disorder in single-enzyme experiments: Facts and artifacts”, April 24 (2012), 李
  • Rice University(USA), Department of Chemistry, “Data-Driven Modeling of Single Molecule Expriments from Time Series Analysis”, June 17 (2011)、李
  • “Single Molecule Time Series Analysis of Supermolecular Motor Proteins”, Seminar at Instutite for Molecules and Materials, Radboud University, Netherland (2010-08)
  • 福井大学医学部医科学特論 学内セミナーA “Handy Guide to Analyze Time Series from Biological Systems: Some Simple but Powerful Tools”(2009.12)李
  • “Data-driven Modeling of Single Molecule Experiments from Time Series Analysis”, Seminar at Laboratory for Photochemistry & Spectroscopy, Department of Chemistry, Katholieke Universiteit Leuven, Belgium, Feb 19(2009)李
  • “Mining dynamical information for large-scale protein MD simulation: A geometrical perspective”, High-performance Molecular Simulation Team, RIKEN, Yokohama, Japan (2007).、李
  • “Uncovering the phase space geometry of reaction dynamics: Theory and Practice”,Nonlinear Dynamics Group, Tokyo Metropolitan University, Japan (2007).、李
  • “Extracting conformation dynamics on a photon-by-photon basis in single-molecule electron transfer experiment”, in the symposium of “Dynamics of protein folding and function”, Osaka University Protein Research Center, Japan (2006).、李
  • “How can we extract the underlying dynamics from the time series of Single Molecular experiments”, Kidera’s group, Yokohama City University, Japan (2006).、李
  • “Nonequilibrium statistical mechanics of small Hamiltonian systems”, Ohmine’s group, Nagoya University, Japan (2005).、李