Abstract of Organized Workshops
  • Dynamical Problems on Condensed Chemical Systems of Clusters and Proteins
    Organizers Tamiki Komatsuzaki, Keisuke Tominaga, Shoji Takada (Kobe Univ.), Mikito Toda (Kyoto Univ.) and Iwao Ohmine (Nagoya Univ.) Kobe Japan, Jan 18-19

    Jan 18(Tue.)

    Chairman Kensuke Ikeda
    13:00-14:00 The Mysterious Phase Behavior of Small Systems Steve Berry (University of Chicago) 14:00-14:45 Dynamical Interpretation of Chemical Reaction Mechanism in Solution: Concept of Large Deviation Naoyuki Hashimoto (Institute for Fundamental Chemistry)
    14:45-15:30 Arnold web in IVR( Intra/intermolecular Vibrational-energy Redistribution ) Mikito Toda (Kyoto University)

    15:30-15:50 Coffee

    Chairman Mikito Toda
    15:50-16:35 Dynamical Hierarchy in Transition States: Why and How Systems Climb over the Transition State Tamiki Komatsuzaki (Kobe university)
    16:35-17:20 Solvation process of alkali-metal atom in solvent clusters Ryouzou Takasu (Kobe university) 17:20-18:05 A Certain Characteristic Behavior of Atomic Motion in a Nano-sized Microcluster Yasushi Shimizu (Institute for Fundamental Chemistry), Kensuke S. IKEDA (Ritsumeikan University), and Shinichi SAWADA (Kwansei Gakuin University)

    18:05-20:00 Party + Poster presentation with Beer (Takigawa Memorial Building 1F)

    Jan 19(Wed.)
    Chairman Masataka Nagaoka
    9:45-10:45 Jumping-Among-Minima Model for Native Protein Dynamics Nobuhiro Go(Kyoto University)

    10:45-11:00 Coffee

    11:00-11:45 Applications of the Jumping-Among-Minima Model to Investigating Slow Dynamics in Proteins Akio Kitao(Kyoto University)
    11:45-12:30 Landscape and pathways of protein folding: From minimal to realistic models Shoji Takada (Kobe university)

    Lunch

    Chairman Akio Kitao
    14:00-15:00 Topographies and Topologies in Many Dimensions: Why and How Proteins Fold Steve Berry (University of Chicago)
    15:00-15:45 Time-domain observation of slow conformational fluctuation of protein by time-resolved hole-burning spectroscopy Yutaka Shibata(Institute for Laser Technology & PRESTO21)

    15:45-16:00 Coffee

    Chairman Shoji Takada
    16:00-16:45 Nonequilibrium Characteristics of Molecular Energy and Heat Transfer during Chemical Reactions in Solution Masataka Nagaoka (Nagoya University)
    16:45-17:30 Recent Development of Optical Nonlinear Spectroscopy in Condensed Phases Keisuke Tominaga (Kobe university)
    17:30-18:15 A Theoretical Study of Water Dynamics: Fluctuation, Chemical Reactions and Freezing Iwao Ohmine (Nagoya University)

    18:15 Concluding Remarks

    Poster:
    P1 Normal Mode Refinement ; Refinement of Protein Dynamic Structure against X-ray Data at High Resolusion Yasumasa Jochi and Akinori Kidera(Kyoto University)
    P2 Effects of interaction between heat reservoir and nano-sized cluster T.R. Kobayashi, K.S. Ikeda, S. Sawada*, Y. Shimizu+ (Ritsumeikan University,*Kwansei Gakuin University, +Institute for Fundamental Chemistry)
    P3 A Lattice Toy Model for a Linear Polymer Oscillation Tadaomi Furuta and Kuniyoshi Ebina (Kobe University)
    P4 Simulated solid-liquid-like transition of a short peptide chain Mitunori Takano, Akira Toyama (University of Tokyo)
    P5 Recent Development of Optical Nonlinear Spectroscopy in Condensed Phases Keisuke Tominaga (Kobe university)
    P6 Dynamical Hierarchy in Transition States: Why and How Systems Climb over the Transition State Tamiki Komatsuzaki (Kobe university)
    P7 Electronic Spectra of Solvated NH4 Radicals, NH4(NH3)n Shinji Nonose (Kobe university)


  • 「複雑な多谷ポテンシャルエネルギー面上で生起する動力学諸問題 -力学的決定性と統計性の中間領域を探る- 第1回」 日時:11月13日12:30~14日18:00 発起人 奈良女子大学理学部 戸田 幹人 神戸大学理学部 小松崎民樹

    場所:奈良女子大学理学部会議室
    プログラム

    11月13日 午後12:30より

    座長 小松崎民樹(神戸大理)

    戸田幹人 (奈良女子大理) 化学反応の動力学とカオス
    Ana Proykova (ソフィア大物理) Dynamics of Temperature Driven Phase Transitions
    柳尾朋洋 (東大総合文化) クラスター構造転移における集団運動とカオス

    座長 小西哲郎(名大理R研)
    山口 義幸 (京大院情報) ハミルトン系のリアプノフ解析
    茶碗谷 毅 (阪大数学) ヘテロクリニック軌道のネットワーク構造と関連するアトラクター
    小松崎民樹 (神戸大理) 化学反応の揺らぎのなかの「決定性」について最近考えていること

    11月14日 午前9:00より

    座長 高見利也(分子研)

    伊藤正勝 (分子研) 非平衡条件下での化学反応と非加法的統計力学
    清水寧 (基礎化研) 表面とバルクの間としての原子マイクロクラスターのダイナミクス
    小山博子 (名大理CG研) 1次元自己重力系におけるべき相関構造の自発形成
    渕上壮太郎 (東大総合文化) 古典力学から見た分子の非断熱過程

    午後1:30より

    座長 戸田幹人(奈良女子大理)
    水谷泰久 (分子研) タンパク質の動きについて最近考えていること
    松本正和 (名大理) 「水」の運動について最近考えていること
    時田恵一郎 (阪大サイバーメディアセンター) 蛋白質のデザインおよび進化:生命と物質の間のボトルネックを抜ける
    柴田達夫 (京大数理解析) Collective Chaos

    平衡統計力学と遷移ダイナミックスの局所的な情報を組み合わせることで反応過程を理解する枠組みを提供してきた遷移状態理論を如何に越えるか、如何に位相空間から問題とする化学動力学に必要な動的情報を抽出し得るか、また蛋白質の揺らぎを化学反応の文脈でどう捉え如何に解析するかなどについて理論・実験家が話題提供をし、それについての「討論」をする目的で、このような研究会を企画しました。凝縮系(特に生体系)は協同性とランダム性が混在している運動形態のなかで(反応の)特異性、選択性を生み出しています。一見すると、ランダムに見える複雑な運動のなかには隠れたコヒーレンスが存在し、それが大域的な、ある種、”規則的”な運動を生み出しているものと予想されます。この場合は二つの捉え方があり得ます。(セミ)マクロな視点に立てば、ひとつはその大域的自由度を探るか、ないしは仮定してその自由度上での運動を解析する立場です。もうひとつはミクロな視点に立って、ひとつひとつの遷移状態を繋ぐ「ダイナミックスのつなぎ方(非線形の言葉を使うならば異なる不安定固定点から出発する多様体の交差の在り方)」を解析する立場です。いずれにしても、遷移状態理論の枠組みの外にありますから、新しい理論的な基礎・枠組みを作る必要があります。今回は第一回めとして、一人持ち時間(討論含めて)40~60分で、こうした問題に関連する話題提供およびそれについての討論を行う形式を考えております。つまり、一般の研究発表とは異なり、いろいろ皆で話し合う、討論に重きをおいた研究会で、発表者の方にはご自身の研究を核としつつ討論の種になるような話題を提供していただく予定です。 ちなみに、ソフィア大学物理のAna Proykova女史は現在名古屋大学の大峰巌研究室に滞在されていて、Atomic and Nuclear Physics, Computational and Theoretical Condensed Matter Physics; Cluster Physicsが専門で、最近はシカゴ大学のBerry氏と共同で分子クラスターの”2次相転移”、”秩序─無秩序転移の対称性”の問題を研究されています。

  • 生物物理学会、大阪大学、10月6日~8日「蛋白質のダイナミクスが機能を生み出すメカニズムに迫る 新しい方法と描像」シンポジウム(池口満徳(東大院・農)、北尾彰朗(京大院・理)、水谷泰久(岡崎国立共同研・分子研)らとの共同主催)
    概要:生物学はゲノム時代に突入し、大量の蛋白質の立体構造が決定されつつある。「立体構造=>機能」の関係を理解するには更に時間軸を加えた「動的」立体構造を考慮する必要がある。すなわち蛋白質の「ダイナミクス」の物理化学的な特徴は何か、どのように機能を生み出すのかという疑問に答えていくこと必須なのだ。このシンポジウムでは「熱ゆらぎ」と「反応に伴う構造変化」とを総合的に考える立場から、蛋白質機能を理解するための最新の方法や描像、それによって明らかになってきた機能のメカニズムについて討論をおこなう。
    講演者:
    • 北尾彰朗(京大院・理)「蛋白質のダイナミクスをどのように観るか?」
    • 中迫雅由(東大・分子細胞生物学研)「蛋白質構造揺らぎと水和構造の協奏」
    • 石井由晴(科技振・一分子プロジェクト)「1分子から見た蛋白質構造のダイナミックス」
    • 柴田達夫(Fritz Haber Institut der MPG)「粗視化されたスケールにおいて現れる隠れたコヒーレンス」


  • 「蛋白質動力学」研究会
    概要:生物学はゲノム時代に突入し、大量の蛋白質の立体構造が決定されつつある。「立体構造→機能」の関係を理解するには更に時間軸を加えた「動的」立体構造を考慮する必要がある。すなわち蛋白質の「ダイナミクス」の物理化学的な特徴は何か、どのように機能を生み出すのかという疑問に答えていくこと必須である。例えば、1分子計測技術は、これまで解析不可能であった構造転移の経路(パスウェイ)の多重性・構造多型性を解明するうえで今後益々進展するものと予想される。1分子計測技術はエネルギー地形上の経路に関する「静的」な分布情報だけでなく、Steven Chuらのリボザイムのdocked-undocked state間転移の研究(Science (2002) 296,1473)に代表されるようにsec~hourのオーダーに渡り、生体分子が構造転移の過程のあいだ、ダイナミカルな履歴の記憶を保持しているなどの経路の「動的」情報に関する新しい描像も呈示するものと期待される。「1分子計測時系列データから「何を」「如何にして」読み取れば、ダイナミックス・パスウェイに対する良い理解が得られるか?」、「蛋白質ダイナミックスの本質を理解する上で最適な座標を切り出すにはどうすればよいか」および「その動力学構造を解析するうえで有益な指標としてなにが考えられるか」などに関する”ぶっちゃけた”討論をおこない、蛋白質機能を理解するための最新の方法や描像について議論する。


    道順:阪急神戸線「六甲」駅、JR神戸線「六甲道」駅、又は阪神本線「御影」駅から、市バス(36)系統「鶴甲団地」行きに乗車、「神大本部工学部前」下車(阪急六甲駅から約11分、JR六甲道駅から約16分、阪神御影駅から約21分)「神大本部工学部前」バス停からはこちらの地図を参照のこと。
    会場:4月30日:神戸大学自然科学研究科3号棟5階ミーティングルーム

        5月1-2日:神戸大学自然科学研究科3号棟6階609号室(ちなみに、小松崎のオフィスは517室です)
    期間:2003年4月30日13:30~5月2日17:00

    プログラム:

    4月30日
    13:30~15:00 小松崎民樹(神戸大・理)「粗視化されたスケールで現れる隠れたコヒーレンス:46ビーズ蛋白質おもちゃの場合・Steven Chuらのリボザイムのdocked-undocked state間転移の研究の紹介」

    15:00~16:30 水谷泰久(神戸大・理)「(ミオグロビンと対比して)ヘモグロビン特有のダイナミックスはどの段階で現れるのか?」
    16:30~17:30 松永康佑(神戸大・理)「蛋白質フォールディングのダイナミックス:主成分空間のエルゴード性(仮題)」

    17:30~18:30 寺本央(東大院・総合文化)「蛋白質がらみだそうです」

    5月1日
    9:30~11:00 森次圭(横浜市立大)「調和運動の時間変化によるダイナミックスの表現-蛋白質への適用」
    11:00~12:30 下野昌宣(神戸大・理)「局所線形主成分解析に基づくBroomhead理論(文献紹介)」
    13:30~15:00 戸田幹人(奈良女子大・理)「dynamical funnelを目指して」
    15:00~16:30 高野光則(東大院・総合文化)「蛋白質分子に長時間ダイナミカル・コヒーレンスは存在するか?helix-coil転移のMD計算の場合」
    16:30~18:00 柳尾朋洋(名古屋大人情)「ものの形が変わることの本質を問う~クラスター構造転移運動と猫の宙返りのゲージ理論~」


    5月2日
    9:30~11:00 水上卓(北陸先端大)TBA
    11:00~12:30 渕上壮太郎(神戸大・理)From Nonequilibrium Measurements to Equilibrium Information(文献紹介)
    13:30~15:00 K.S.Kostov(シカゴ大・化)TBA
    15:00~16:00 小林千草(神戸大・理)「タンパク質内での電子移動の研究」(University of California San Diego J.Onuchic研究室からの凱旋記念発表)
    16:00~17:00 堀田浩司(東大院・総合文化)「半古典論の量子化問題」


    飛び入り大歓迎
    堀田浩司、寺本央(共に東大院・総合文化)、樋口真理子(原研)

  • COE学術講演会 化学と惑星科学のあいだのクロス・トーク
    (Cross Talk between Chemsitry and Planetary Sciences)

    オーガナイザー:小松崎民樹(神戸大理地惑)、相川祐理(神戸大理地惑)、 百瀬孝昌(京大理化)
    協賛 
    神戸大学理学部地球惑星科学科 COEプロジェクト「惑星の進化と起源」


     この度、シカゴ大学化学科、天文学-天文物理学科およびEnrico Fermi研究所の岡武史名誉教授を神戸大学に迎えて、COE学術講演会「化学と惑星科学のあいだのクロス・トーク (Cross Talk between Chemsitry and Planetary Sciences)」を開催します。分子分光学技術を使って宇宙で生起していることを解明できないであろうか、無機分析化学の手法を利用して地球に降ってくる隕石を解析することで惑星系の起源を知ることはできないだろうか?恒星力学から生まれたカオス力学系の概念を使ってIVR、非RRKM的挙動などの化学動力学における非統計性の起源を理解することはできないであろうか?このように、実は惑星科学にとってまた化学にとって両者は相補的に関わりあっている部分が多く見受けられます。しかしながら、米国の大学(例えば、シカゴ大学)には、化学科のなかに、例えば、Geochemistry, cosmochemistryという分野が存在しているのに対し、日本の土壌では皆無で、両学問に跨る視点で研究されている人は国内では欧米に比べると少数派です。本講演会の主旨は化学と惑星科学の境界で研究をされている方々をお呼びして、その学問の垣根を埋めるとともに、新たな視点で両学問分野の進展を図ることを目的とするものです。講演者の皆さんには惑星科学を知っているが化学については疎い人、化学を知っているが惑星科学については疎い人も意識して、ある程度、基本的なところも講演して頂く予定です。興味のある方は学生、院生、ポスドク、教官(学内外)を問わず、どなたでもお気軽に参加していただければ幸いです。但し、会場の都合もありますので、参加をご希望される場合には恐れ入りますが、世話人の小松崎(tamiki@kobe-u.ac.jp)
    まで「参加希望」のメールを送付していただけると幸いです。
     道順:阪急神戸線「六甲」駅、JR神戸線「六甲道」駅、又は阪神本線「御影」駅から、市バス(36)系統「鶴甲団地」行きに乗車、「神大文理農学部前」下車(阪急六甲駅から約11分、JR六甲道駅から約16分、阪神御影駅から約21分)「神大文理農学部前」バス停からは地図が掲示されていますのでそちらを参照してください。
     会場:神戸大学神大会館六甲ホール(もしくはA会議室)
     期間:2003年11月17日10:30~18:00

    プログラム:

    星間化学、電波天文学
    10:30~11:05 相川祐理 (神戸大学理学部地球惑星科学科)

    11:05~12:45 岡武史(シカゴ大学化学科、天文学-天文物理学科およびEnrico Fermi研究所)

    昼食

    宇宙地球化学
    13:40~14:15 中村昇 (神戸大学理学部地球惑星科学科)
    14:15~14:40 山下勝行(神戸大学理学部地球惑星科学科)

    休憩

    星間化学、電波天文学、分子分光学
    15:00~15:45 川口建太郎(岡山大学理学部化学科)
    環状C3H2, H2CS分子の電波観測で探る系外銀河の化学」
    15:45~16:30 百瀬孝昌(京都大学理学部化学科)

    16:30~17:10未定

    休憩

    化学反応ダイナミックスとカオス
    17:25~18:00 Laurent Wiesenfeld(Astrophysics Laboratory, Universite Joseph-Fourier de Grenoble)
    18:00~18:35 小松崎
    民樹(神戸大学理学部地球惑星科学科)